Малахитовый зеленый используется не только в качестве лечения больных рыбок, но и как профилактика для водных обитателей, находящихся на карантине. В таком случае, новых рыбок сажают в отдельную емкость, и на протяжении нескольких дней проводят обработку воды приготовленным раствором. Для профилактики заболеваний используется 5 мл препарата, растворенного в 2 литрах отстоявшейся воды.